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Desde o lançamento do Seambox que uma das principais preocupações foi a confidencialidade dos dados. Esta preocupação é extensível também ao utilizador individual da aplicação.

O Seambox é um sistema multi-utilizador.

Numa organização numerosa poderá haver mensagens que um utilizador não quer que sejam lidas por outros elementos da organização.

Por este motivo, quando um utilizador cria uma mensagem pode indicar que é uma mensagem privada e que mais nenhum utilizador pode aceder a ela.

As mensagens privadas são apresentadas na lista de mensagens com um ícone específico.